С началом движения по КБЖД, строительные работы на ней не закончились. Каким нелегким было строительство дороги, таким же сложным было ее поддержание в рабочем состоянии. Горные породы сдвигались и обрушивались, со склонов гор сходили сели. Только с 1932 по 1947 годы на Кругобайкальской дороге произошел 721 обвал. Из них 502 было без последствий для самой дороги, 201 с закрытием движения и 18 привели к крушению поездов и разрушению полотна.
В апреле 1929 года, после землетрясения, с 200-метровой высоты на дорогу обрушился огромный скальный массив. Очистить рельсы удалось только с помощью динамита. В 1937 году большой камень упал на вагон проходившего поезда и пробил его насквозь. В мае 1941 года сорвавшаяся вниз каменная глыба опрокинула в озеро поезд, а в 1948 году дорогу перекрыл обвал длиной 100 и высотой 35 метров. Для обеспечения безопасного движения поездов была создана Путевая машинная станция, занимавшаяся противообвальными работами. В ее состав входили даже скалолазы. Путевая станция работала в течение многих лет, но не смогла предупредить все обвалы.
Для железной дороги, протянувшейся вокруг Байкала, опасность исходила не только от коварных оползней и селей, но и от озера. Подвижки льда на Байкале образовывали большие торосы. Несмотря на то, что полотно дороги располагалось на высоте 6 метров над водой, огромные куски льда выдавливались на берег и загромождали пути.
Поддержание дороги в исправном состоянии требовало больших затрат и усилий. После очередной аварии приняли решение строить обходную магистраль. В 1949 году между Иркутском и станцией Слюдянка была проложена; новая электрифицированная перевальная дорога. Она оказалась Заметно короче и безопаснее. Окончательно движение по КБЖД закрыли в 1956 году, когда, после наполнения Иркутского водохранилища, часть старой дороги оказалась в зоне затопления и была разобрана.
В настоящее время от Кругобайкалки сохранился участок Слюдянка-2 – Култук – Маритуй – порт Байкал. Это тупиковая ветка длиной около 90 километров.
21 декабря 1982 года Кругобайкальская железная дорога была объявлена архитектурно-ландшафтным заповедником и взята под охрану государства.